《家庭教师》是一部悬疑推理漫画，讲述家教老师藤原浩接受一个特殊委托：教导一个与外界隔绝的富豪家族独子。但他发现这个家族的每个成员都隐藏着秘密，而学生的笔记本上写着奇怪的符号。藤原浩在授课之余暗中调查，发现学生被卷入一场遗产继承阴谋，而他自己曾经的失踪案也与这个家族有关。他必须在保护学生的同时，揭穿谎言。
藤原浩找到自己失踪案的证据，原来他是家族长子被调换的孩子，学生是他的亲弟弟，两人相认，共同对抗家族黑幕。
学生带藤原浩进入家族密室，里面堆满前任家教失踪前的调查资料，藤原浩发现自己的照片也在其中。
藤原浩破解笔记本上的符号，竟是家族银行账户密码，学生说这是父亲教他的“游戏”。
学生在课堂上用摩斯密码敲出“help”，藤原浩意识到他被监视，开始用家教暗语与他沟通。
藤原浩进入豪华宅邸，学生礼貌但冷漠，家族管家警告他“不要多问，只教课”。
藤原浩收到匿名委托，对方开出天价课时费，指定他教导一名“特殊学生”，并要求签订保密协议。